Ob ustanovitvi podjetja se lahko samostojni podjetniki odločijo med dvema načinoma vodenja poslovnih knjig: vodijo lahko enostavno ali dvostavno knjigovodstvo, toda o svoji odločitvi morajo obvestiti DURS najkasneje v 8 dneh po začetku poslovanja.

Med letom spreminjanje izbranega načina vodenja poslovnih knjig ni mogoče spreminjati, to je mogoče le tako, da podjetnik oz. njegovo računovodstvo v primeru spremembe o tem obvesti DURS najkasneje do 31. decembra tekočega leta. Velika večina podjetnikov, ki na začetku še ne izdaja in prejema velikega števila računov, sprva vodi enostavno knjigovodstvo. To pride v poštev predvsem za podjetnike, ki izpolnjujejo vsaj dva izmed kriterijev:

• povprečno število zaposlenih ne presega 3
• letni prihodki so nižji od 42 tisoč eur
• povprečna vrednost aktive, izračunane kot polovica seštevka vrednosti aktive na prvi in na zadnji dan poslovnega leta, ne presega 25 tisoč eur

Kasneje, ko se število poslov za podjetnika zviša, večina presedla na dvostavno knjigovodstvo, ki v primerjavi z enostavnim knjigovodstvom da veliko več informacij.